Il film, basato sui personaggi apparsi per la prima volta in Madagascar (2005) ed in seguito protagonisti della serie animata I Pinguini di Madagascar, è uno spin-off classico dove i personaggi secondari che diventano protagonisti sono stati scelti particolarmente bene. Non si fa mistero che il prodotto sia indirizzato ad una fascia d’età inferiore a quella dei Madagascar originali, ma questo non vuole dire che il divertimento non sia assicurato anche per i più grandi.
Il film ha una costruzione classica che offre poca originalità con coi buoni ed imbranati pinnipedi, una piovra scienziato pazzo e una squadra segreta di specialisti di imprese impossibili che basano tutto sulla tecnologia. Inutile dire che la vittoria andrà agli eroi naif, mentre il cattivissimo farà una brutta fine e i professionisti saranno salvati dai dilettanti. Tutto questo importa poco agli spettatori che hanno come unico interesse quello di immedesimarsi in questi pinguini tarchiati e comici che hanno tutte le caratteristiche dei perdenti, eppure dimostrano che la squadra di amici può più della tecnologia. Il loro modo di operare è scientificamente improvvisato, utilizzano l’entusiasmo al posto di piani sofisticati, sfidano il gigante della cattiveria come si trattasse di un compagno di giochi che si è comportato male. Nel ventesimo anniversario di attività, la DreamWorks ha virato verso un pubblico che aveva sottovalutato in potenzialità, gli under eight e, sia le critiche sia il box office, hanno dimostrato che aveva ragione. Skipper, Kowalski, Rico e Private si definiscono agenti segreti sotto copertura e sono impegnati nello spionaggio globale. Si reputano una squadra d'élite ma si presentano come degli entusiasti combina guai. Si uniscono all'organizzazione segreta chiamata North Wind e guidata dalla volpe Agente Classified per impedire al malvagio Dr. Octavius Tentacoli di mettere in pratica la sua folle intenzione di distruggere il mondo. I Pinguini sono impegnati in un'avventura ad altissimo rischio che li condurrà nell'Antartico, a Venezia, nel deserto, Shanghai, New York City e nel Kentucky sperimentando sicuramente gloria ma anche grandi pericoli, con applausi a scena aperta da parte degli spettatori più piccoli.
